Bio.GenBank.Record 模組

以直接明瞭的格式保存 GenBank 資料。

類別

Record - GenBank 紀錄中的所有資訊。
Reference - 保存紀錄的參考資料。
Feature - 保存 Feature Table 中的資訊。
Qualifier - Feature 的限定詞。

class Bio.GenBank.Record.Record

基類：object

以類似於原始紀錄的格式保存 GenBank 資訊。

Record 類別旨在讓您在只想查看 GenBank 資料時，能夠輕鬆取得資料。

屬性

locus - GenBank 紀錄中 LOCUS 關鍵字後指定的名稱。這可能是登錄編號、複製 ID 或其他名稱。
size - 紀錄的大小。
residue_type - 組成此紀錄序列的殘基類型。通常是 RNA、DNA 或 PROTEIN 之類的東西，但也可能像「ss-RNA 環狀」這樣深奧。
data_file_division - 此紀錄在 GenBank 中儲存的區分（例如：PLN -> 植物；PRI -> 人類、靈長類動物；BCT -> 細菌...）。
date - 紀錄提交的日期，格式如「28-JUL-1998」。
accession - 序列的所有登錄編號的列表。
nid - 核苷酸識別號碼。
pid - 蛋白質識別號碼。
version - 登錄編號 + 版本（例如：AB01234.2）。
db_source - 有關紀錄來源資料庫的資訊。
gi - 紀錄的 NCBI gi 識別碼。
keywords - 與紀錄相關的關鍵字列表。
segment - 如果紀錄是一系列紀錄中的一個，則此為有關此紀錄是哪個片段的資訊（例如：「1 of 6」）。
source - 序列來源的材料來源。
organism - 生物的屬和種（例如：「Homo sapiens」）。
taxonomy - 生物的分類學分類列表，從一般到更具體。
references - Reference 物件的列表。
comment - 包含任何關於紀錄的註解的文字。
features - 組成 Feature Table 的 Feature 列表。
base_counts - 包含序列鹼基計數的字串。
origin - 指定序列來源資訊的字串。
sequence - 包含序列本身的字串。
contig - RefSeq 檔案中 CONTIG 的位置資訊字串。
project - 基因體定序專案編號（將在 2009 年被 dblink 交叉參考取代）。
dblinks - 基因體定序專案編號和其他連結。（將在 2009 年取代專案資訊）。

GB_LINE_LENGTH = 79

GB_BASE_INDENT = 12

GB_FEATURE_INDENT = 21

GB_INTERNAL_INDENT = 2

GB_OTHER_INTERNAL_INDENT = 3

GB_FEATURE_INTERNAL_INDENT = 5

GB_SEQUENCE_INDENT = 9

BASE_FORMAT = '%-12s'

INTERNAL_FORMAT = ' %-10s'

OTHER_INTERNAL_FORMAT = ' %-9s'

BASE_FEATURE_FORMAT = '%-21s'

INTERNAL_FEATURE_FORMAT = ' %-16s'

SEQUENCE_FORMAT = '%9s'

__init__(): 初始化類別。

__str__()

為 Record 提供 GenBank 格式的輸出選項。

這樣做的目的是提供一種簡單的方法來讀取 GenBank 紀錄、以某種方式修改它，然後以「GenBank 格式」輸出它。我們正努力使此功能發揮作用，以便使用此函式輸出的已剖析 Record 看起來與原始紀錄完全相同。

大部分輸出都基於以下位置的格式描述資訊

ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt

class Bio.GenBank.Record.Reference

基類：object

保存來自 GenBank 參考的資訊。

屬性

number - 參考清單中參考的編號。
bases - 參考所指序列中的鹼基。
authors - 包含所有作者的字串。
consrtm - 作者所屬的聯盟。
title - 參考的標題。
journal - 有關參考文獻發表期刊的資訊。
medline_id - 參考文獻的 medline id。
pubmed_id - 參考文獻的 pubmed_id。
remark - 有關參考文獻的自由格式備註。

__init__(): 初始化類別。

__str__(): 將參考文獻轉換為 GenBank 格式字串。

class Bio.GenBank.Record.Feature(key='', location='')

基類：object

保存有關 GenBank 紀錄的 Feature Table 中的 Feature 資訊。

屬性

key - Feature 的索引鍵名稱（例如：source）。
location - 指定 Feature 位置的字串。
qualifiers - Feature 中的 Qualifier 物件列表。

__init__(key='', location=''): 初始化類別。

__repr__(): 物件的除錯或記錄表示法。

__str__(): 以 GenBank 格式字串回傳特徵。

class Bio.GenBank.Record.Qualifier(key='', value='')

基類：object

在 GenBank 特徵中保存關於限定詞的資訊。

屬性

key - 限定詞的鍵名稱 (例如 /organism=)
value - 限定詞的值 (“Dictyostelium discoideum”)。

__init__(key='', value=''): 初始化類別。

__repr__(): 物件的除錯或記錄表示法。

__str__(): 以 GenBank 格式字串回傳特徵限定詞。