Bio.Data.CodonTable 模組

基於 NCBI 的密碼子表。

這些表是基於解析 NCBI 檔案 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt，並使用 Scripts/update_ncbi_codon_table.py。

上次更新於版本 4.4 (2019 年 5 月)

exception Bio.Data.CodonTable.TranslationError

基底：Exception

用於存放特定轉譯例外狀況的容器。

class Bio.Data.CodonTable.CodonTable(nucleotide_alphabet: str | None = None, protein_alphabet: str | None = None, forward_table: dict[str, str] = forward_table, back_table: dict[str, str] = back_table, start_codons: list[str] = start_codons, stop_codons: list[str] = stop_codons)

基底：object

一個密碼子表，或遺傳密碼。

__init__(nucleotide_alphabet: str | None = None, protein_alphabet: str | None = None, forward_table: dict[str, str] = forward_table, back_table: dict[str, str] = back_table, start_codons: list[str] = start_codons, stop_codons: list[str] = stop_codons) → None

初始化類別。

forward_table: dict[str, str] = {}

back_table: dict[str, str] = {}

start_codons: list[str] = []

stop_codons: list[str] = []

__str__()

回傳密碼子表的簡單文字表示。

例如

>>> import Bio.Data.CodonTable
>>> print(Bio.Data.CodonTable.standard_dna_table)
Table 1 Standard, SGC0

  |  T      |  C      |  A      |  G      |
--+---------+---------+---------+---------+--
T | TTT F   | TCT S   | TAT Y   | TGT C   | T
T | TTC F   | TCC S   | TAC Y   | TGC C   | C
...
G | GTA V   | GCA A   | GAA E   | GGA G   | A
G | GTG V   | GCG A   | GAG E   | GGG G   | G
--+---------+---------+---------+---------+--
>>> print(Bio.Data.CodonTable.generic_by_id[1])
Table 1 Standard, SGC0

  |  U      |  C      |  A      |  G      |
--+---------+---------+---------+---------+--
U | UUU F   | UCU S   | UAU Y   | UGU C   | U
U | UUC F   | UCC S   | UAC Y   | UGC C   | C
...
G | GUA V   | GCA A   | GAA E   | GGA G   | A
G | GUG V   | GCG A   | GAG E   | GGG G   | G
--+---------+---------+---------+---------+--

__annotations__ = {'back_table': dict[str, str], 'forward_table': dict[str, str], 'start_codons': list[str], 'stop_codons': list[str]}

Bio.Data.CodonTable.make_back_table(table, default_stop_codon)

建立一個反向表（簡單的單一密碼子映射）。

只回傳一個單一密碼子，從可能的選項中根據其排序順序選擇。

class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable(id, names, table, start_codons, stop_codons)

基底：CodonTable

用於一般核苷酸序列的密碼子表。

nucleotide_alphabet: str | None = None

protein_alphabet = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'

__init__(id, names, table, start_codons, stop_codons)

初始化類別。

__repr__()

將 NCBI 密碼子表類別表示為字串，以便進行除錯。

__annotations__ = {'back_table': 'dict[str, str]', 'forward_table': 'dict[str, str]', 'nucleotide_alphabet': typing.Optional[str], 'start_codons': 'list[str]', 'stop_codons': 'list[str]'}

class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableDNA(id, names, table, start_codons, stop_codons)

基底類別：NCBICodonTable

適用於明確 DNA 序列的密碼子表。

nucleotide_alphabet: str | None = 'GATC'

class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableRNA(id, names, table, start_codons, stop_codons)

基底類別：NCBICodonTable

適用於明確 RNA 序列的密碼子表。

nucleotide_alphabet: str | None = 'GAUC'

class Bio.Data.CodonTable.AmbiguousCodonTable(codon_table, ambiguous_nucleotide_alphabet, ambiguous_nucleotide_values, ambiguous_protein_alphabet, ambiguous_protein_values)

基底：CodonTable

用於不明確序列的基礎密碼子表。

__init__(codon_table, ambiguous_nucleotide_alphabet, ambiguous_nucleotide_values, ambiguous_protein_alphabet, ambiguous_protein_values)

初始化類別。

__getattr__(name)

將屬性查找轉發到原始表格。

Bio.Data.CodonTable.list_possible_proteins(codon, forward_table, ambiguous_nucleotide_values)

傳回不明確密碼子的所有可能編碼胺基酸。

Bio.Data.CodonTable.list_ambiguous_codons(codons, ambiguous_nucleotide_values)

擴展密碼子列表以包含所有可能的不明確密碼子。

例如

['TAG', 'TAA'] -> ['TAG', 'TAA', 'TAR']
['UAG', 'UGA'] -> ['UAG', 'UGA', 'URA']

請注意，['TAG'，'TGA'] -> ['TAG'，'TGA']，這不會添加 'TRR'（也可能表示 'TAA' 或 'TGG'）。因此，在以下情況下只會添加兩個密碼子

例如

['TGA', 'TAA', 'TAG'] -> ['TGA', 'TAA', 'TAG', 'TRA', 'TAR']

傳回新的（更長的）密碼子字串列表。

class Bio.Data.CodonTable.AmbiguousForwardTable(forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein)

基底：object

用於翻譯不明確核苷酸序列的前向表格。

__init__(forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein)

初始化類別。

__contains__(codon)

檢查密碼子是否可用作不明確前向表格的索引鍵。

只有在 forward_table[codon] 傳回值時，才會傳回 'True'。

get(codon, failobj=None)

為類似字典的行為實作 get。

__getitem__(codon)

為 AmbiguousForwardTable 實作類似字典的行為。

forward_table[codon] 會傳回一個胺基酸字母，或拋出 KeyError（如果密碼子沒有編碼胺基酸）或 TranslationError（如果密碼子確實編碼胺基酸，但也是終止密碼子，或編碼多個胺基酸，且在給定的字母表中沒有唯一的字母可使用）。

Bio.Data.CodonTable.register_ncbi_table(name, alt_name, id, table, start_codons, stop_codons)

將密碼子表資料轉換為物件 (PRIVATE)。

資料儲存在字典中。