Bio.Align.tabular 模組

Bio.Align 支援來自 BLAST 或 FASTA 的表格輸出。

此模組包含一個解析器，用於解析使用 '-outfmt 7' 參數執行的 BLAST 的表格輸出，以及使用 '-m 8CB' 或 '-m 8CC' 參數的 William Pearson FASTA 比對工具的表格輸出。

class Bio.Align.tabular.State(value)

基類：Enum

列舉解析 BTOP 字串時所需的比對狀態。

MATCH = 1

QUERY_GAP = 2

TARGET_GAP = 3

NONE = 4

class Bio.Align.tabular.AlignmentIterator(source)

基類：AlignmentIterator

來自 BLAST 或 FASTA 表格輸出的比對迭代器。

用於從使用 '-outfmt 7' 參數執行的 BLAST 生成的表格輸出，以及使用 '-m 8CB' 或 '-m 8CC' 輸出格式的 William Pearson FASTA 比對程式生成的表格輸出中讀取（成對）比對。

fmt: str | None = 'Tabular'

parse_btop(btop)

解析 BTOP 字串並傳回比對座標。

BTOP（Blast 回溯操作）字串由 BLAST 用於描述序列比對。

parse_cigar(cigar)

解析 CIGAR 字串並傳回比對座標。

CIGAR 字串，如 SAM 序列比對/映射格式所定義，將序列比對描述為一系列長度和操作（比對/插入/刪除）代碼。

__abstractmethods__ = frozenset({})