Bio.Align.substitution_matrices 套件

模組內容

替換矩陣。

class Bio.Align.substitution_matrices.Array(alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

基底類別：ndarray

可透過整數和字母索引的 numpy 陣列子類別。

static __new__(cls, alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

建立新的 Array 實例。

__array_finalize__(obj, /)

呈現，以便子類別可以呼叫 super。不做任何事。

__getitem__(key)

回傳 self[key]。

__setitem__(key, value)

將 self[key] 設定為 value。

__contains__(key)

回傳 key in self。

__array_prepare__(out_arr, context=None)

__array_wrap__(array, [context, ]/)

回傳與 self 具有相同類型的 array 的檢視。

__array_ufunc__(ufunc, method, *inputs, **kwargs)

__reduce__()

用於序列化 (pickling)。

__setstate__(state, /)

用於還原序列化 (unpickling)。

state 引數必須是一個包含下列元素的序列

參數:

versionint

選用的序列化版本。如果省略，則預設為 0。

shapetuple

dtype資料類型

isFortranbool

rawdata字串或清單

包含資料的二進位字串 (如果 'a' 是物件陣列，則為清單)

transpose(axes=None)

轉置陣列。

property alphabet

回傳字母屬性。

copy()

建立並回傳陣列的副本。

get(key, value=None)

如果找到 key，則回傳其值；否則回傳 value。

items()

回傳陣列中 (key, value) 配對的迭代器。

keys()

回傳包含與陣列相關聯之鍵的元組。

values()

回傳包含儲存在陣列中之值的元組。

update(E=None, **F)

從 dict/iterable E 和 F 更新陣列。

select(alphabet)

藉由從指定的字母中選取字母來建立陣列子集。

__format__(fmt)

預設物件格式設定器。

format(fmt='')

回傳陣列的字串表示法。

引數 fmt 指定要使用的數字格式。預設情況下，如果陣列包含整數，則數字格式為「%i」，否則為「%.1f」。

__str__()

回傳 str(self)。

__repr__()

回傳 repr(self)。

Bio.Align.substitution_matrices.read(handle, dtype=float)

剖析檔案並回傳 Array 物件。

Bio.Align.substitution_matrices.load(name=None)

載入並回傳預先計算的替換矩陣。

>>> from Bio.Align import substitution_matrices
>>> names = substitution_matrices.load()