Bio.Affy.CelFile 模組

從 Affymetrix CEL 檔案版本 3 和 4 讀取資訊。

exception Bio.Affy.CelFile.ParserError(*args)

繼承自：ValueError

Affymetrix 解析器錯誤。

__init__(*args)

初始化類別。

class Bio.Affy.CelFile.Record

繼承自：object

儲存 cel 檔案中的資訊。

使用範例

>>> from Bio.Affy import CelFile
>>> with open("Affy/affy_v3_example.CEL") as handle:
...     c = CelFile.read(handle)
...
>>> print(c.ncols, c.nrows)
5 5
>>> print(c.intensities)
[[  234.   170. 22177.   164. 22104.]
 [  188.   188. 21871.   168. 21883.]
 [  188.   193. 21455.   198. 21300.]
 [  188.   182. 21438.   188. 20945.]
 [  193. 20370.   174. 20605.   168.]]
>>> print(c.stdevs)
[[  24.    34.5 2669.    19.7 3661.2]
 [  29.8   29.8 2795.9   67.9 2792.4]
 [  29.8   88.7 2976.5   62.  2914.5]
 [  29.8   76.2 2759.5   49.2 2762. ]
 [  38.8 2611.8   26.6 2810.7   24.1]]
>>> print(c.npix)
[[25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]]

__init__()

初始化類別。

Bio.Affy.CelFile.read(handle, version=None)

讀取 Affymetrix CEL 檔案並傳回 Record 物件。

支援 CEL 檔案格式版本 3 和 4。如果知道版本，請將 CEL 檔案格式指定為 3 或 4 作為 version 參數。如果未指定版本號碼，解析器將嘗試從檔案內容偵測版本。

此函式傳回的 Record 物件會將 CEL 檔案中的強度儲存在 record.intensities 中。目前，在解析版本 4 CEL 檔案時，不會設定 record.mask 和 record.outliers。

使用範例

>>> from Bio.Affy import CelFile
>>> with open("Affy/affy_v3_example.CEL") as handle:
...     record = CelFile.read(handle)
...
>>> record.version == 3
True
>>> print("%i by %i array" % record.intensities.shape)
5 by 5 array

>>> with open("Affy/affy_v4_example.CEL", "rb") as handle:
...     record = CelFile.read(handle, version=4)
...
>>> record.version == 4
True
>>> print("%i by %i array" % record.intensities.shape)
5 by 5 array