用於計算分子生物學的 Python 工具
用於計算分子生物學的 Python 工具
如同我們的下載頁面所示，我們通常建議使用 Python 的套件管理工具 pip 來安裝 Biopython
pip install biopython
然而，這並非唯一選擇，針對您的系統，單獨的封裝系統可能更為適合。
如果您的 Python 是使用 conda 安裝的，例如使用 miniconda 或 anaconda，那麼您應該可以從 conda 套件中使用 Biopython
conda install -c conda-forge biopython
或
conda update -c conda-forge biopython
我們特別建議使用來自 conda-forge 管道的 Biopython，因為它通常是最新的，並且涵蓋 Windows、Mac OS X 和 Linux。預設的 Conda 管道雖然也有 Biopython，但通常不是最新的。
請注意，Conda 可在 Windows、Mac OS X 和 Linux 上使用，並且涵蓋的範圍遠不僅限於 Python。
雖然我們通常建議使用 pip，但大多數 Linux 系統都會提供 Biopython 套件 - 然而，它可能稍微過時。
您應該可以使用 Synaptic GUI 工具（在主選單的「系統 / 管理 / Synaptic 套件管理員」下）或在命令列中使用以下指令來安裝 Biopython 及其相依性：
sudo apt-get install python-biopython
如果您想要文件和單元測試，
sudo apt-get install python-biopython-doc
如果您想要使用 BioSQL，
sudo apt-get install python-biopython-sql
然而，這可能不是最新的版本（請參閱此處的 Ubuntu 清單，以及此處的 Debian 清單）。如果您想要 Biopython 的最新版本，則需要從原始碼安裝。但是，您應該可以使用以下命令自動安裝建置相依性：
sudo apt-get build-dep python-biopython
Biopython 在 官方 Archlinux 軟體庫中以 python-biopython（用於 Python 3）或 python2-biopython（用於 Python 2）的形式存在，並且可以使用 pacman 安裝
pacman -S python2-biopython
或者，對於 Python 3
pacman -S python-biopython
Biopython 是 Fedora 的官方套件（自 Fedora 5 以來）。該套件針對 Python 2 名稱是python-biopython，針對 Python 3 名稱是python3-biopython，並且可以使用 yum 以 root 身分安裝
yum install python-biopython
或
yum install python3-biopython
或透過諸如 pirut 和 PackageKit 等 GUI 套件管理系統之一安裝（在 F-9 及更高版本中可用）。
Gentoo 的 portage 樹包含一個從原始碼建置的 ebuild (sci-biology/biopython)。要安裝它，請以 root 身分開啟終端機並執行
emerge -va biopython
這裡是 Gentoo 上 Biopython 的連結，其中顯示了 Gentoo 的 Portage 樹中的最新版本。
在 FreeBSD 中安裝 Biopython 最簡單的方式是透過 Ports Collection。如果您對此程序不熟悉，請參閱此文件。假設您熟悉此方法，並且您有一個最新的 ports 樹，您只需要以 root 身分執行以下命令即可
cd /usr/ports/biology/py-biopython make install clean
這應該會自動提取並安裝 Biopython（以及其必要的相依性）。