Biopython2

Biopython 2 的想法

此頁面主要收集了關於 Biopython 可能的第 2 版，在郵件列表上討論的想法。

如果我遺漏了什麼，請接受我的歉意並進行相應的更改。

我正在嘗試保持中立的語氣，但有時我們可能希望包含贊成和反對某些選項的主要論點，以便讀者了解主要論點的要點

相依性

• 相依於 matplotlib、numpy 和 scipy 或
• 建立一個開發人員可以使用的可接受相依性列表（例如 requests 或 pandas）

文件

• 似乎已達成共識，API 文件優先
• 建議使用 numpydoc 和 Sphinx
• 建議使用 Juptyer 筆記本 vs HTML 作為教學課程。
• 是否應停止使用 Latex？

是否應棄用 Python 2？

正在進行的討論

哪個 Python 3 版本？

• 全部嗎？ （沒有人為此辯護）
• 3.5
• 當我們開始開發 Bioython 2 時的最新版本（例如，現在將意味著 3.6）

小寫套件和模組命名

小寫的套件和模組似乎是共識。

頂層政策

• 將其命名為 biopy.？ biopython.？ biop.*？
• 頂層有多少個模組？無，或一些基本的東西（生命異常、抽象檔案管理）
• 自動導入所有內容，還是僅部分導入？甚至是都不導入？

套件組織

哪些子套件？與模組化方法密切相關（見下文）

有人想在這裡寫一點關於選項嗎？

模組系統

• 是否應該有一個核心模組的模組系統，允許第三方進行擴充，類似於 Biogems
• Bow 的工作可能是一個起點

移除過時的子套件

討論要移除哪些套件

Biopython 1 和 2 之間的關係

• 是否有任何程式碼共享？如果有，如何共享？程式碼共享可能會危及所需的 Bioypthon 2 功能和架構
• API 可能不相容

可行性

甚至有時間來做這個嗎？