用於計算分子生物學的 Python 工具
用於計算分子生物學的 Python 工具
此頁面旨在為任何有興趣了解或擴展 Biopython 新序列輸入/輸出介面的開發人員或程式設計人員提供幫助，SeqIO。
注意：詳細資訊仍可能變更
若要新增讀取新檔案格式的支援，您必須實作一個迭代器，該迭代器應接受檔案控制代碼並傳回 SeqRecord 物件。您可以使用以下方式執行此操作：
Bio.SeqIO.Interfaces 的迭代器類別yield 關鍵字；適用於簡單的格式）SeqRecord 的清單，然後使用 iter() 函式將其轉換為迭代器。您可以接受其他可選引數。但是，必須只有一個必要引數（輸入檔案控制代碼）。
您將 SeqRecord 的 id、name 和 description 作為哪些內容，將取決於檔案格式。理想情況下，您會使用 id 的存取編號。此 ID 對於每個記錄也應是唯一的（除非檔案中的記錄本身不明確）。
當在記錄的註解字典中儲存任何註解時，請遵循 GenBank 剖析器所制定的事實標準...我應該嘗試更詳細地記錄這一點。
如果提供的檔案似乎無效，請引發 ValueError 例外。
最後，必須將新格式新增至 Bio/SeqIO/__init__.py 中的相關對應字典，以便 Bio.SeqIO.parse() 和 Bio.SeqIO.read() 函式可以識別它。
注意：詳細資訊仍可能變更
若要新增寫入新檔案格式的支援，您應該撰寫 Bio.SeqIO.Interfaces 中其中一個寫入器物件的子類別。
然後，必須將新格式新增至 Bio/SeqIO/__init__.py 中的相關對應字典，以便 Bio.SeqIO.write() 函式可以識別您的程式碼。
如果提供的記錄無法寫入此檔案格式，請引發 ValueError 例外。在適當的情況下，請使用以下措詞
raise ValueError("Must have at least one sequence")
raise ValueError("Sequences must all be the same length")
raise ValueError("Duplicate record identifier: %s" % ...)
...
待辦事項 - 在 Bio.SeqIO 本身中定義標準例外？
Biopython 中已存在以下檔案格式的剖析器，如果適合，可以將其整合到 SeqIO、AlignIO 或 SearchIO 中。
Bio.KEGG 可以剖析 KEGG 格式 的檔案嗎？
Bio.MEME 有此檔案格式的剖析器，乍看之下，可以將其視為比對格式。
來自 BLAST 套件的成對比對可以使用 Bio.AlignIO 轉換為成對的 Alignment 物件。這有用嗎？錯誤 2560 上的範例程式碼