介面分析

描述

Biopython 中整合的 Interface 模組提供了一種簡單友好的方式，從 PDB 複合體中提取和分析介面。在提取介面的同時，會計算並提供不同的資訊：- 極性/非極性/帶電荷殘基分佈 - 埋藏表面積。

此模組由 Mikael Trellet 在 2011 年 Google Summer of Code 期間開發，目前尚未在 Biopython 的官方儲存庫中提供。不過，您可以在目前的連結找到程式碼（開源）：GitHub 原始碼 為了確保相關性和完整性，Interface 模組與擴展殘基平行工作，擴展殘基是同一時期創建的殘基子類別，也可在前述連結中取得。

需求

Interface 分析模組的主要部分只需要穩定安裝的 Biopython 和 Python 2.7。可以使用 Biopython 中的 NACCESS 模組對介面進行更精確的定義，但需要穩定版本的 Naccess（可於 NACCESS 取得）。

如何使用

初始化

介面的提取是從複合體 PDB 檔案完成的

from Bio.PDB import InterfaceBuilder

parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("test", "/home/directory/of/your/PDB/test.pdb")

然後只需一行程式碼即可完成介面的提取

interface = InterfaceBuilder.InterfaceBuilder(structure[0]).get_interface()

從 Interface 物件中包含了一些函式和資訊

• 取得鏈

chains = interface.get_chains()
for c in chains:
    print(c)

• 新增殘基

interface.add(structure[0]["A"][24])

• 取得二級結構分佈

ss = interface.secondary_structure

進一步的自訂計算

可以從單一介面計算幾個統計資料和資訊

• 極性統計

percent = interface.calculate_polarity()

• 為介面的每個殘基設定相鄰殘基的字典

neighbors = interface.set_neighbors()

• 計算介面和複合體的可接近性

access = interface.calculate_accessibility()

比較 2 個介面

為了比較 2 個介面，也就是間接比較 2 個複合體，可以進行一些計算

• 均方根偏差

rmsd = interface.rmsd(interface2)

• 共同接觸的分數

fcc = interface.fcc(interface2)