BioSQL.Loader 模組

將 biopython 物件載入 BioSQL 資料庫以進行持久儲存。

此程式碼使得將 biopython 物件儲存在關聯式資料庫中，然後將其取回成為可能。您不應直接使用此模組中的任何類別。而是應在資料庫物件上呼叫 load() 方法。

class BioSQL.Loader.DatabaseLoader(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

基礎：object

用於將 SeqRecord 物件載入 BioSQL 資料庫的物件。

__init__(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

使用資料庫的連線資訊初始化。

建立 DatabaseLoader 物件通常由 BioSeqDatabase DBServer 物件處理，例如

from BioSQL import BioSeqDatabase
server = BioSeqDatabase.open_database(driver="MySQLdb",
                                      user="gbrowse",
                                      passwd="biosql",
                                      host="localhost",
                                      db="test_biosql")
try:
    db = server["test"]
except KeyError:
    db = server.new_database("test",
    description="For testing GBrowse")

load_seqrecord(record)

將 Biopython SeqRecord 載入資料庫。

class BioSQL.Loader.DatabaseRemover(adaptor, dbid)

基礎：object

透過完全移除資料庫來補充 Loader 功能。

這可能對於一般用途來說並不是真的很有用，因為您可以只做一個

DROP DATABASE db_name

然後重新建立資料庫。但是，它對於測試目的來說非常有用。

__init__(adaptor, dbid)

使用資料庫 ID 和 adaptor 連線初始化。

remove()

移除與給定資料庫 ID 相關的所有內容。