BioSQL.BioSeq 模組

在 BioSQL 之上實作類似 Biopython 的 Seq 物件。

這允許使用類似 Biopython 的 SeqRecord 和 Seq 介面來檢索儲存在 BioSQL 資料庫中的項目。

注意：目前我們不支援在 BioSQL 中記錄每個字母的註釋（例如品質分數）。

class BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord(adaptor, primary_id)

基底：SeqRecord

BioSQL 中類似 Biopython SeqRecord 物件的對應物。

__init__(adaptor, primary_id)

建立一個 DBSeqRecord 物件。

參數

• adaptor - 一個 BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 物件

• primary_id - BioSQL 使用的內部整數 ID

您通常不會自己建立 DBSeqRecord 物件，當您使用 BioSeqDatabase 物件時，會為您完成此操作

property seq

Seq 物件

property dbxrefs: list[str]

資料庫交叉參考。

property features

特徵

property annotations: dict[str, str | int]

註釋。